Однажды во время морского путешествия корабль, на котором был купец из Варны Параскев Николау, попал в сильный шторм.

Параскев Николау

Взмолившись к Небесам, купец дал обет, что в случае спасения он обязательно построит храм и больницу. Буря утихла, и купцу ничего не оставалось делать, как выполнить обещание. Взойдя на берег, купец выделил 50 000 рублей на строительство храма. Строительство храма заняло шесть лет. И вот в 1865 году храм был открыт. Иконы для Храма Святого Николая были пожертвованы состоятельными жителями Варны. А вот замечательные фрески на стенах храма появились почти через сто лет, в 1961 году.

До греко-болгарского конфликта или как еще говорят историки Греко-болгарской схизмы, богослужение в храме вели греческие священники. Начиная с 1906 года, в храме ведутся только болгарские службы.

Поскольку храм очень почитаем моряками, в 1927 году моряки освятили главную икону храма в Храме Гроба Господня в Иерусалиме.

Как символ покровительства морякам, в 2000 году перед храмом был установлен якорь с морского судна. Инициатором этого был простой механик Димитр Стайков.